前回終了時に設定ファイルの保存失敗したのか、sikiがデスクトップに表示されなくなった
config.jsの
"mainBounds": {
"width": 500,
"height": 450,
"x": -32000,
"y": -32000
}
のxとyの項目を消したら表示された。参考までに。