>>722
グループポリシーの本来の目的は、組織で管理することだと思う。
ポータブルは個人使用の意味合いが強いから、相性が悪いと解釈した。

・レジストリを設定
・chrome://policy/ ポリシーを再読み込み
・設定が反映された
・Chrome を終了して再起動したら、元に戻っている
・HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Policies\Google を調べると、
　Chrome-BackupByGoogleChromePortable のキーが作られている

ポータブルを起動したときに、設定を保存して元の状態にしている。
あくまでポータブルで実現したいのなら、
レジストリファイルを作って、Chrome 起動後に読み込む方法でどうか。