状況が不明確だが、マウス位置のフォルダが勝手に開きホイールスクロールが聞かなくなるということであれば、
ui.submenuDelayを大きくして、マウスホバーでフォルダを開かなくすればいい

このケースは、モズラのやっつけ仕事によるバグなんだけど
Gijsは意固地になって直そうとしないんですよねぇ
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=1273012