もしかして、Firefox 系ブラウザを同一場所のプロファイルから複数インスタンス起動させようとしてるとか、
同一場所の torrc を参照して tor.exe を複数起動させようとしてるとか、そういうレベルの話?

当然、二個目の Tor Browser は一個目とは別の場所にインストールするんだよ。