なんか、中途半端に知識があるせいで、
いろいろ勘違いしてないかい？
頭のIフレさえ守っていれば、ケツはどこでもとりあえず行ける
その範囲では劣化することもない
シーン検索をしたまともなエンコをしたものなら、ほぼ目的通りのものができるはず

Avidemuxでもいいが、AviUtil＋mp4プラグインでやるのが一番簡単
コマンドラインでもいいなら、FFMpegだっていける