>>989
おそらくそのことではありません、その変更の際に変わった動作だと思いますが
説明不足でした

以前はIDやツリー等を自動ポップアップした段階でポップアップエリアのショートカットが有効でした
今は自動ポップアップさせただけだとスレッドエリアのショートカットの方が有効で、ポップアップエリアのショートカットを有効にするにはポップアップエリアをクリックする必要があります（レスアンカーは前からこの仕様でした）

閉じるコマンドを同じキーに入れていて、以前と同じようにポップアップを閉じようとしたらスレッドが閉じてしまうようになりましたが
一動作増えただけと言われればそれまでですね…