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どういう条件でそうなるのか分からんけど、VEAIのデコーダーはフレームを欠落
させることがある。回避方法として、Avisynthを挟んでVEAI側のデコーダーを
使わないようにすれば、大丈夫でしたよ。

自分の場合、VEAIでProRes吐き出しして、TMPGencで音声と合わせてエンコード
してるんだけど、

　元の動画をTMPGで読込→クリップの設定から映像のみ入れ替え→エンコード

ってやった時、カクついてたヤツは、フレーム数が元の動画と比べて足りないんすよね。
で、上記のavsを介してVEAIしたヤツはフレーム欠落がなくなる。