(´・ω・`).｡oO(「foo.exe」とかアプリ名を何で伏せるんだろう…)

・foo.exe側でCtrl+Uの割り当てを無効に変える(別のキーに割り当てる)
・日本語入力中のCtrl+Uの代わりにF6を押下する
・ahkでCtrl+U押下したらF6送出するようにする(foo.exe側のF6に何も割り当てがないこと)

この内のどれかで対処する(自分が思いついたのはこれだけだった)