Ctrl+Eは検索バーにフォーカスするショートカットなので検索バーが表示されていない場合はそういう挙動になる
URLバーにフォーカスするショートカットはCtrl+Lだからこっちを使うとよい
Ctrl+Eの動作をCtrl+Lと同じにする設定があるのかは知らん