ファイル名変更君は期待する動作と違うんじゃない？
というかリスト内の"下"から順番にリネームしてくれればたいてい重複しないと思うんだけど…

　ファイル名の変更はリスト内の上から順番に変更していくので、下側のファイル名と重複しなければ大丈夫ですが、
重複しそうな場合は、一度全く違う名前に変換しておいて、その後目的のファイル名にすると良いでしょう。
　「自動で重複回避」にチェックすれば重複は回避されますが、余分なものが付くので注意してください。