PC性能わからないのでそれを抜きに考えつつレスを踏まえると
複雑な設定のどれかが負担高く描画が追いついてないと仮定します。

一旦設定ファイルを別所に退避させて設定真っ新な状態にし、その時にズレが発生しないかどうかを確認してください。

それでも問題があるのであればPC性能、なければ設定に問題があるのだと判断できます。
問題がなければ項目を1個ずつ元のものに戻していき動作を確認して原因を特定するしか無いのではないかと思います。