もし「フォルダの表示設定を覚える」使ってるなら、configフォルダのremember.xmlを開いて、
テキストエディタでパスを置換すればできそうな気はする。
Item Timeってのがうまく引き継がれるのかはわからん

でも、3万ものフォルダ、全部違う設定なの?
表示設定を引き継ぐや297の言うフォルダ設定のほうがスマートだと思うよ