サービス（鯖）側で個人情報が見れる、アクセスできるというのは

１．そもそもE2Eではない
２．収集できる限りのありったけのメタデータが収集されている
３．サービス全体のうち、E2Eなのは一部だけ（例えばチャット内容）でその他のサービスは鯖側から見れる

だいたいどれかだな
LINEの場合は「３」が今現在大きな問題になっている（もちろん「１」や「２」は問題無いという保証も無いが）