オーバーレイスクロールバーを時間経過でスクロールバーの表示が消えないようにするには
ui.scrollbarFadeBeginDelay を -1 にしたらできた。

あと widget.non-native-theme.scrollbar.style を 2 にしたら
widget.non-native-theme.gtk.scrollbar.allow-buttons（スクロールバーに矢印をつけるかどうか）
widget.non-native-theme.gtk.scrollbar.round-thumb（つまみ部分の両端を丸くするかどうか）
widget.non-native-theme.gtk.scrollbar.thumb-cross-size（つまみ部分の最短の長さ）
widget.non-native-theme.gtk.scrollbar.thumb-size（つまみ部分の幅のスクロールバーの幅に対する割合（0～1））
widget.non-native-theme.scrollbar.size.override（スクロールバーの幅）
の設定が効くようになるからおすすめ