>オリジナルのファイルをコピーして行えば、エンコードをしないでいいのでしょうか

上書きで出力しなければ元ソースは改変されないよ
できる可能性はあるけどめんどくさいから、素直に再エンコードしとき
1回ぐらいエンコードしなら劣化も分からん