元データより高い品質なら劣化は抑えられると思う
無難な所としては用意した素材を一度UTVideoなどの可逆圧縮で出力して連結し、x264なりx265なり、好みのコーデックで出力する
エンコはパズルゲームのようなもんだから試行錯誤して楽しんでくれ