みなさまありがとうございます、解決しました！
exedit.iniのメモ帳ファイルに
.mts=動画ファイル
.mts=音声ファイル
と追記したら読み込むようになりました。

L-SMASH Worksは対応しててもこちらで指定しないと駄目なんですね
設定はAviUtlを開いてからやるものだと思っていたので盲点でした・・・