最近になって読み込んだ音声ファイルがプツプツ途切れるようになってしまったんですが、何かご存知の方いらっしゃるでしょうか。

拡張編集で設定している時だけ発生し、エンコードした動画にはプツプツ音は入りません。
ちなみにL-SMASH Worksは最新のものを使用しています。