これでやってみたけど出力ファイルをMediaInfoで見てみて 23.976 (24000/1001) FPS になってるのは最後のMP4だけだったわ
使ったバイナリは https://www.gyan.dev/ffmpeg/builds/ のやつ

start "" ffmpeg -i "00001_mkvmerge.mkv" -c:a libmp3lame -f matroska enc1.mkv
start "" ffmpeg -i "00001_mkvmerge.mkv" -c:a flac -f matroska enc2.mkv
start "" ffmpeg -i "00001_mkvmerge.mkv" -c:a libvorbis -f matroska enc3.mkv
start "" ffmpeg -i "00001_mkvmerge.mkv" -c:a libopus -f matroska enc4.mkv
start "" ffmpeg -i "00001_mkvmerge.mkv" -c:a pcm_s24le -f matroska enc5.mkv
start "" ffmpeg -i "00001_mkvmerge.mkv" -c:a libmp3lame enc.mp4