貴重な情報ありがとうございます。
無理にisoにしない方のがいいこともあるんですね。
自分はPS1とPS2全てImgBurnで吸い出してしまったのでDVDは全てiso、CDは全てbin+cue形式ですがDVDとCDの区別は同じくつきます。
今から全部のCDをCDマニュピレータで吸い出し直すのも大変時間がかかるのでそれは時間のある時にするか、とりあえずCDはbin+cueと分かっているのでそのままで使っておこうと思います。
一応全てのゲームを吸い出した後に1つずつ軽くですが動作確認してあるのとディスクは比較的綺麗な方なのでそれをバックアップでいくつかに分けて同じデータを入れてあります。もしサブチャンネルデータが破損した時は破損したCDのイメージを他のバックアップから持ってくるかまた吸い出し直しますね。
サターン等はCDマニュピレータを使用するようにします。