いつまで立っても解決しそうにないのでグーグル先生で検索
最近のバージョンでは--datapathオプションも同時指定じゃないと動かないらしい

ショートカットを以下のように変更

"C:\Program Files (x86)\Microsoft\Skype for Desktop\Skype.exe" --secondary --datapath="%appdata%\Roaming\Skype\username"