16:9なソースでのフェード処理は↓のロゴ除去が優秀
http://hayateppp.blog.fc2.com/blog-entry-1.html

上のを使ってもダメならロゴを取ったときの偏りが原因かもしれないが
ある程度は諦めたほうが精神衛生上、幸せになれる