それは単純に前のメーラーが受信したらサーバーから消してたから重複しないように見えてただけでは？
ThunderbardはデフォルトではPOP3でもサーバーにメールを残す
yahoo.co.jpとybb.ne.jpはドメイン名違うだけのまったく同じものなのになぜアカウント２つ作ってるの？