そのへんのレジストリを見るとインストール時は全ユーザー用のところに書き込まれるのに、
アップデート時には現在のユーザー用のところに書き込まれるために2つになるみたいなんだよね。
どうしても気になるなら該当のキーだけ手動で消せばいいと思う。