Gmail側で化けてないならThunderbird側で誤処理入るような文字がヘッダとかに入ってるんだと思う
Gmailではそれを回避してる、みたいな感じ

Yahoo!とHotmailはPOPからIMAPに変更した方が今どきっぽい感じじゃないかしら
万が一Thunderbird側が飛んでも未読・既読はそのまま残るし