>>152 です
ffmpeg4.2で既に修正された様子
バグ扱いらしい

前と同じくオプション「-gifflags」に「offsetting」（画像の相殺。有効で前のフレームに変化部分の透過画を累積／無効で重ねずフレーム固有1枚画で置換）と
「transdiff」（フレーム間の透明度検出）で全4パターンを指定して試してみたら、ちゃんとGIFエンコフラグで「offsettingを累積（有効・規定） → 置換・無効」にしたら透過GIFが上手く作れた

コマンド： -f image2 -framerate 20 -i '%02d.png' -i 'palette.png' -gifflags +offsetting+transdiff -filter_complex 'paletteuse' '++.gif'

+offsetting+transdiff（累積、透明検出有効／フラグ規定値）│先頭数フレームで残像が残ってる……仕様？
https://i.imgur.com/euYaV5F.gif

+offsetting-transdiff（累積、透明検出無効）│残像あり・上と変化なし
https://i.imgur.com/UzLt6ql.gif

-offsetting+transdiff（置換、透明検出有効）│残像なし・容量増加
https://i.imgur.com/iK4PEoD.gif

-offsetting-transdiff（置換、透明検出無効）│残像なし・上と変化なし
https://i.imgur.com/xETTz9u.gif

おまけ：APNG、静止画になるかもなんでブラウザで表示推奨。パレット使わなかったけど置換モードGIFパレット最適化より低容量だった
例： -f image2 -framerate '' -start_number 00 -i '%02d.png' -i 'palette.png'
-f apng -filter_complex paletteuse -plays 0
'outAPNG.png'
https://i.imgur.com/SBqx2vd.png

結論：透過アニメ画像を作るなら残像が出ないAPNG使え
GIF作るなら残像出ないように「-gifflags -offsetting」