xstack は余白の色を指定できないので pad で色指定した余白作ってから xstack で並べる

>二つの動画を黒い四角で囲いたい
これも pad で色指定した余白作る
https://ffmpeg.org/ffmpeg-filters.html#pad-1
pad=iw+20:ih+20:10:10:gray

>最終ファイルの解像度を大きくするにはどうすれば良いですか？
これも pad でできそう。アップスケールするなら scale, zscale など
https://ffmpeg.org/ffmpeg-filters.html#scale-1
https://ffmpeg.org/ffmpeg-filters.html#zscale-1