度々連レス申し訳ございません
WinMergeならバイナリの比較もできることを知り、先ほどの3ファイルの比較を行ったところ、
全て同じファイルという判定になりました。
https://i.imgur.com/JKhhVyT.png

ffmpeg上で名前の表記が違うだけで、使用されるエンコーダは同じものの様です。
お騒がせいたしました。