何枚あるのかにもよるけど
(1) 一括で上だけトリミング (下部を削除)
(2) 一括で下だけトリミング (上部を削除)
(3) サムネイルからパノラマ画像作成 (1組ずつ)
ではあかんの？

(3)の工程は他のソフトならバッチでいける気もする
ImageMagickの連結でもバッチ書くのは簡単では