>>449
> 任意の色に変換
> 透明範囲を選択→選択範囲の反転→選択範囲を太い鉛筆なりペンキで塗ってる

レイヤーダイアログのスクショとかビフォー／アフターの画像がないんで
いまいちやりたいことを正確に把握できないが
透明保護して塗りつぶしってことかな？

レイヤーひとつずつならショートカットキー
Ctrl＋,（カンマ）でレイヤーを前景色で塗りつぶしできるから
レイヤーダイアログで上から順に Alt＋クリック（不透明部分を選択範囲に）してキー操作すればいい

複数レイヤーを一括ならバッチ処理のプラグインかスクリプト？
変換？したいレイヤーをあらかじめ透明保護しておいてやらないとだめかもね