>>449
> 任意の色に変換
> 透明範囲を選択→選択範囲の反転→選択範囲を太い鉛筆なりペンキで塗ってる

レイヤーダイアログのスクショとかビフォー/アフターの画像がないんで
いまいちやりたいことを正確に把握できないが
透明保護して塗りつぶしってことかな?

レイヤーひとつずつならショートカットキー
Ctrl+,(カンマ)でレイヤーを前景色で塗りつぶしできるから
レイヤーダイアログで上から順に Alt+クリック(不透明部分を選択範囲に)してキー操作すればいい

複数レイヤーを一括ならバッチ処理のプラグインかスクリプト?
変換?したいレイヤーをあらかじめ透明保護しておいてやらないとだめかもね