いや、デスクトップじゃなくドライブ直下に単純名で出してみればと言うとるんだが・・・
まあユーザー名によほど変なもん使ってなければ関係ないとは思うが。

あと、23フレームと極端に短い出力をしてるようだけど、少し長めの動画を出力してみたらうまくいったりしないか?

Mux自体は問題なさそうだし、その後の
 ・「(ファイル名).mp4」と「(ファイル名)_audio.m4a」を削除
 ・「(ファイル名)_muxout.mp4」を「(ファイル名).mp4」にリネーム
の処理で何か問題が起きてるように見えるが・・・。