スクリプトの実行するタイミングが早すぎるんじゃないかな
試しに2分後にスクリプト（スクリプトB）を実行するスクリプト（スクリプトA）を経由させてみては？

sleep, 120000
Run, スクリプトB.ahk
を記述したスクリプトA.ahkをスタートアップに登録

もしくはAutohotkeyを使わず、ChangekeyというソフトでAltキーをAに置き換えておく