メインの常駐スクリプトはAutoHotkey.ahk一つのみなので何も困らない
他の複数スクリプトを常駐させたい場合はAutoHotkey.ahkに#Include書いておけば
メインをReloadするだけで他も一緒にリロードできる

あと余談だけど#SingleInstance forceを付けとけばスクリプト再実行するだけで確認ダイアログ出さずに即座にリロードできる