自分の環境だと自動では直らなくて、JDのプロセスをkillしないと延々ループしてたんだけど、下記で直ったよ。
https://board.jdownloader.org/showpost.php?p=423667
1. JDownloaderを終了
2. MegaからJDownloader.jar をダウンロードして、インストール済みのと入れ替える
※自分の場合は下記にインストールされてた
C:\Users\<自分のユーザ名>\AppData\Local\JDownloader v2.0\JDownloader.jar
3. 同じディレクトリにある「Core.jar」ファイルと「tmp」フォルダと「update」フォルダを削除
※設定とかは残るので大丈夫
4. JDownloaderを起動

待ってれば自動で直るのかもだけど。