インストール、アンインストールの順番は関係ない
カスタムインストールでインストール場所を指定しなければデフォルトで
32bit版は「C:\Program Files (x86)」に、64bit版は「C:\Program Files」にインストールされる

どちらもインストールされた状態だとショートカットで任意の方を起動させることが出来る
おそらく古いショートカットから起動したから32bit版が起動したんだと思う