このMSR問題、現在でも解決しておらず本家フォーラムでも時々話題にあがるんですが、
この記事を見るとTrueImage2016のbuild 6027 以降では若干改善されているようです

Guide to Restoring a UEFI/GPT Windows System to a New Disk with True Image 2016
https://forum.acronis.com/forum/acronis-true-image-2016-forum/guide-restoring-uefigpt-windows-system-new-disk-true-image-2016

復元後にパーティション構成が変わってしまう不具合自体は直っていないんですが、
復元の際、AcronisがWindowsのBCDエントリを補正してWindows標準の回復機能を壊して
しまわないようになったとのこと