AHKのすり抜け問題とは関係ないが
Photoshop CS6 環境設定 - 一般
Photoshop CC 環境設定 - ツール
にそれぞれ 「スクロールホイールでズーム」って項目あるよ
チェック入れとけばAlt押さなくてもホイールだけでズームできる