ゲーム固有の不具合じゃなく
isoでも無いなら

OSか、
PPSSPPのバージョンか、
PPSSPPの設定か、
PPSSPPのフォルダのパスのどれか

俺はPPSSPPの設定の何かか
フォルダのパスのに問題があると思う

PPSSPP本体を両方まるまるコピーして両方のPCで試せば
ハードウェアも含めて全部確かめられる