管理者として実行しても、とくに変わりはないようです。
セーブできていないのではなくて（まあそうなのでしょうけれど）、システムファイルは作れるものの、設定を変えたときときなど、上書きすることができない、とうことです。
ですので、終了して、次にシステムファイルを読み込もうとすると、メモステが交換されています、と言われてしまうのです。
セーブデータをすべて削除したり、ゲームをPPSSPPのメニューから一度削除したりなどもためしましたが、今のところわからないです。