>>816
AviUtl本体ウィンドウの下にあるゲージを見ればわかるが、
そこの１フレームだけを選択範囲にしてしまっているので、その１フレームしかエンコードされない。

本体メニューの「編集→すべてのフレームを選択（Ctrl+A）」を選べば、全ての範囲を選んだ状態に戻る。