フレームが欠落するから音ズレしたように錯覚する
Splitter掛けるとか何か回避策あるかも知れないから、そこでLSMASHに対する認識の食い違いがあるのだろう
m2tsコンテナのMPEG2ならLSMASH で問題ないと思う