バージョン毎にパッチを作成している
だから前回修正したリソースを保存しておいて(自分はテキストで保存)
バージョンアップで変更されていない箇所は上書き
変更されていたら修正

ResUpdateってソフトがそんな機能だったと思うけど今探しても見つからない

XebraはMenu/Dialogタイプだから非常にわかりやすいし
全てのウインドウをリソース編集だけで大幅に変えられるけど
他のソフトを改変したいなら
EXEが圧縮されていてUPX日本語frontendなどのアンパッカーが必要なことや
リソース編集だけでなくバイナリエディタが必要なこともある

Xebraに関してならここで聞くけど
他のソフトなら↓のほうがいいと思う　※ゲーム関連はNG
このソフトを日本語化して欲しい！ パッチ17
http://egg.2ch.net/test/read.cgi/software/1246616718/
↑のスレのWiki
http://www.wikihouse.com/windows/index.php?%C6%FC%CB%DC%B8%EC%B2%BD

Resource Hackerの過去スレ
http://pc5.2ch.net/test/read.cgi/software/1019521248/
http://pc.2ch.net/test/read.cgi/win/1013924222/