YouTubeはアップロードされた大本のファイルは保存されていて
YouTubeが新しいエンコード設定とかを実装したら自動的に再エンコードしてくれる（60fps対応など）

だから自分でエンコードせずに綺麗な状態のをそのままアップロードした方がいいよ
特殊なファイル形式だったりプロバイダーにアップロード容量規制とかがあるならしょうがないけどね