履歴がUTF8で自動認識がSJISなんでしょ
履歴消してもメッセージは消えるけど目的と違うと思う
上に書かれてるようにBOMつけるか
ファイルの頭に日本語書くか
タイプ別のデフォルトをUTF8にすればいいんじゃないかな