>>340
これじゃダメ？
タイムコードの各フレームレートは　(120000/1001) / n になるように。nは正整数, n>0
(120000/1001) /5 = 24000/1001=23.9760...
これでダメだったらVFRが原因だけど自分の環境ではVFRで音がずれたりしない

mp4box -raw 1 input.mp4
mp4box -single 2 input.mp4
muxer.exe --file-format m4v -i "input_track1.h264"?fps=30000/1001 --optimize-pd -o "muxer.mp4"
timelineeditor.exe --timecode "timecode.txt" --media-timescale 120000 --media-timebase 1001 "muxer.mp4" "timelineeditor.mp4"
remuxer.exe -i "timelineeditor.mp4" -i "input_track2.mp4" -o "output.mp4"
or
remuxer.exe --chapter "chapter.txt" -i "timelineeditor.mp4" -i "input_track2.mp4" -o "output.mp4"