もしCCleanerにWaterfoxのプロファイルを認識させたいと思うときは、次のようにすればいいらしい。

レジストリに次の項目を追加

[HKEY_CURRENT_USER\Software\Piriform\CCleaner]
"CustomLocation1"="FIREFOX|C:\\Users\\≪ユーザー名≫\\AppData\\Local\\Waterfox\\Profiles\\≪プロファイルフォルダ≫"
"CustomLocation2"="FIREFOX|C:\\Users\\≪ユーザー名≫\\AppData\\Roaming\\Waterfox\\Profiles\\≪プロファイルフォルダ≫"