●ファイルごとにサブフォルダが作成されるのを止めたい
設定 → パッケージャ → 事前定義規則:サブフォルダをパッケージ名毎に作成 のチェックを外す

●リンクを削除する時の確認ダイアログを出したくない
UI設定 → メニューとツールバー → 右クリックメニュー:ダウンロードテーブル
左のメニュー構造編集で「選択したリンクを削除**」を選択して
右のメニューノード編集で「"本当に宜しいですか"ダイアログを回避」をチェックする
右クリックメニュー:リンクグラバーテーブル、ダウンロードタブ下部パネルにも削除コマンドがあるのでお好きに

●現在ダウンロード中のものが終わったら停止してほしい
UI設定 → メニューとツールバー → メインツールバー
左のメニュー構造編集で適当なところで右クリックして「アクション追加」
「StopDownloadButFinishRunningOnesAction」を追加したあと選択する
右のメニューノード編集で「メニューアイテムを表示」をチェック
ツールバーに「ダウンロードを停止しますが、ダウンロード中のものは完了するまで継続されます」ボタンが表示されるので、オンオフを切り替えできるようになる

●キャプチャが小さくて読みにくい
キャプチャウインドウの枠をドラッグすれば大きさを変更できる
ちなみに大きさはホストごとに記憶される

●寄付タブ消したい、ul.toのバナー消したい、ツールバーのチェックボックス点滅を止めたい
拡張設定を「donate」「banner」「Warning Flash」で検索