>>122
今やってみた

・あらかじめ設定されていたキーセット2と3を削除してキーセット1をパッドのボタンで設定
・Mesen終了
・Mesen起動
・キーセット1は設定されたまま
・キーセット2と3は削除した時の空欄のまま

こんな感じだった
コントローラ1/2両方のキーセット全部削除して、それからコントローラ1のキーセット1だけを設定してみてもダメ？