>>205
短いサンプルだとわからないと思う。書いたようにうちでは45分のサンプルで試した。
VLCだけシークで1〜3秒くらい止まる感じ。もっと長いともっとひどくなるかも？
VLCの詳細設定も見てみたけど効果が出るものは見当たらなかった。

>>207
-reportのログしか取れないんだけど、特にエラーは出てないね。
それらのプレーヤーは使ってないので挙動は不明。

>>206、>>208
規格とかはよくわからんけど、元のm4aがおかしいんじゃなく、
　　・どれだけシークしやすい形でm4aコンテナを構築するか
　　・どのような手法でシークするか
の違いなんじゃないかなと思う。つまり

　　・ffmpegのデフォのm4a化はあまりシーク情報を細かく入れないようにしているが
　　　MP4Boxでは細かく入れるようにしている。

　　・他のプレーヤーはm4aコンテナの情報にはあまり依存しないシーク手法だが、
　　　VLCはm4aコンテナの情報に依存したシーク手法をとっている。

という感じじゃないかなと。まあちゃんと調べたわけじゃないので推測にすぎないけど。