ffmpegのバグでflv2mp4が正常動作しないケースがありました.

2017/2/24以前のffmpegにはvp6(flv)のデコーダにバグがあり,
正常にmp4への再エンコードできない動画が存在します.
ttps://www.mail-archive.com/ffmpeg-cvslog@ffmpeg.org/msg25445.html
最新の安定版3.2.4は2017/2/10リリースなのでこの修正が含まれていません.
よってこの問題を回避するためには,3.2.5がリリースされるまでは
スナップショットビルド(2014-04-01-23ae3ccのようなやつ)を利用する必要があります.