ffmpegのバグでflv2mp4が正常動作しないケースがありました．

2017/2/24以前のffmpegにはvp6(flv)のデコーダにバグがあり，
正常にmp4への再エンコードできない動画が存在します．
ttps://www.mail-archive.com/ffmpeg-cvslog@ffmpeg.org/msg25445.html
最新の安定版3.2.4は2017/2/10リリースなのでこの修正が含まれていません．
よってこの問題を回避するためには，3.2.5がリリースされるまでは
スナップショットビルド(2014-04-01-23ae3ccのようなやつ)を利用する必要があります．